Molina Aterno, in epoca preromana e romana dovette essere un pagus della città di Superaequum e inglobare un Vicus. Bastano a documentare la frequentazione dell’altura molinese sin dall’epoca più arcaica, i centri fortificati di Mandra Murata e di colle Castellano, dove, verso la fine del secolo scorso (1892), il noto archeologo peligno Antonio De Nino, individuò importanti resti di una doppia muraglia di cinta in grandi blocchi poligonali e una via che da Sprecato sale verso il Colle Castellano, scavata nella viva roccia.
Nella contrada Sprecato inoltre fu rinvenuta una necropoli del periodo repubblicano. Lo stesso De Nino vi segnalava 8 o 9 tombe a camera (simili a quelle della celebre Corfinium).
Nella contrada chiamata Campo Valentino e nella contrada Pretoli, intorno al lago Acquaviva, già nel secolo scorso si scoprivano regolarmente mura, tombe, mosaici, sepolcri, capitelli, una statua priva di testa, una grande idria di creta finissima (ora conservata nel palazzo dei signori Pietropaoli) ed ancora: ceramiche, rocchi di colonne, monete e alcune iscrizioni (ora murate nel marciapiede di piazza S. Nicola) nelle quali si attestano le presenze dei seguenti amministratori pubblici: aediles, duoviri e prefecti iure dicurldo.
Nella stessa area di Campo Valentino, che la tradizione indica come il luogo di una antica città distrutta, recentemente sono venute alla luce una serie di nuclei abitativi con pavimenti musivi e un interessantissima tomba di guerriero con un ricco corredo funerario di armi e buccheri italici databili al VI secolo a. C.
Tra la contrada Fontanelle e il Colle Fonte Vecchio, durante i lavori della linea ferroviaria, sono state rinvenute costruzioni antiche e parte della necropoli con sepolcri di età romana.
Da questa necropoli probabilmente proviene il rilievo funerario di una coppia di liberti dei Varii e il tempio dedicato ad Ercole, come risulta dalle iscrizioni di età tardo repubblicana ivi rinvenute, insieme a numerosi bronzetti raffiguranti ll mluco eroe.
Nel 787 dal Chronicon Vulturnense, documento n. 25, apprendiamo che tali Agilbertus et Remo, messi di Carlo Magno, nella contesa fra i monaci di S. Vincenzo e alcuni uomini di Balva, con inchiesta diretta e indiretta sui luoghi, redigono l’elenco dei sudditi del monastero con la quantità di terra tenuta in Molina Aterno.
Nel 1076 Teodino, conte valvense di Gagliano, dona al Monastero di Farfa i suoi feudi in servitio compreso quello di Molina Aterno (Reg. Farfa, doc. n. 1028)
Nel 1085 il Conte Teodino figlio del Conte Randuisio abitante in Navino (Castelvecchio Subequo) e sua moglie Oria donano alla Chiesa farfense di San Giovanni in Vennari (Molina o Castel di Ieri?) il mulino di Molina sito nel luogo detto Acquaviva.
Nel 1092 Sappiamo che la Badia di San Benedetto in Perillis possiede la chiesa di San Pio a Molina e alcuni appezzamenti e immobili intorno al laghetto di Acquaviva. Nello stesso anno troviamo menzionato per la prima volta il castello di Molina “Lì 15 aprile 1092, Ego Ugo Malmozzetto filius Gilberti de genere fracorum, viverldo secodo la legge dei Longobardi, dono all’episcopato e chiesa di S. Pelino, I’intero mio monastero… in colle rotundo fondato dal Vescovo Trasmorldo con tutti i beni e pertinenze, tra cui S. Pio e S. Giovanni in Vennari e i beni in castello de Molina e de Acciano”
Nel 1112 nella Bolla di Pasquale II, è menzionata la chiesa di Santa Maria in Molina.
Nel 1143 Rainaldo conte di Celano, figlio di Crescentius Marsicanorum comes, dopo aver riconosciuto la sovranità di re Ruggero, è nominato titolare della nuova contea di Celano e diviene anche feudatario di Molina.Nel 1182 nel Catalogo dei Baroni, compilato sotto re Guglielmo II della casa d’Altavilla, Molina viene segnato come feudo concesso dai Conti di Celano ad un tale Rainaldo di Molino. Nel 1188 il Papa Clemente III conferma i possedimenti di Molina alla Badia di S. Benedetto, la Chiesa di S. Pio insieme con la quarta parte del Castello i vassalli, il mulino, i terreni, le vigne e canapine. Nel 1273 Molina è aggregata all Abruzzo ulteriore.
Nel 1294 Pietro del Morrone, durante il suo trasferimento da Sulmona a L’Aquila per essere incoronato Papa con il nome di Celestino V, dopo aver pernottato nel Convento di S. Francesco di Castelvecchio Subequo, passò per Molina seguendo il tratturo che costeggia il fiume Aterno. Nel 1309 Molina perviene in feudo ad un Cantelmo di Popopli. Nel 1427 è signore di Molina un nipote di Cantelmo dei duchi di Popoli e di Sora.
Il 27 agosto del 1438 il re Renato, che era signore della provincia, dichiara ribelli Antonio Cantelmo, conte di Popoli, Giovanni di Antonio -di Matteo di Molina e alcuni congiunti di lui per aver aderito ad Alfonso d’Aragona suo nemico, manda truppe a conquistare Molina e la cede dietro pagamento ad Aquila considerandola per l’innanzi come devoluta e terra del contado aquilano. Infatti il castrum di Molina, sottratto al conte di Popoli, di parte aragonese, da milizie di baroni angioini e successivamente da re Renato posto all’incanto, e rivenduto all’Aquila per quattrocento ducati d’oro e cinque tarini di carlini d’argento per ciascuno venne, in un secondo momento, da lui incorporato definitivamente nel contado aquilano. Nel 1509 è signore di Molina Antonio di Cantelmo dei Duchi di Popoli e di Sora; da questi passerà alla famiglia dei Secinara di Rieti e quindi agli Aristoteli di Sulmona, dai quali è venduta a Leonardo de Simeonibus dell’Aquila con l’impegno di poterla riacquistare. Nel 1510 il viceré di Napoli, D. Raimondo di Cordona, il 20 dicembre offre il Privilegio dell’immunità speciale della famiglia, allo stesso Leonardo ed al fratello Marcantonio come ai figli del defunto Gaspare de Simeonibus in premio della loro costante fedeltà nel sostenere i diritti della corona d’Aragona sui regni di Napoli e di Sicilia e conferma loro il possesso del feudo molinese. Il 1527 è l’anno della fondazione della chiesa di S. Maria del Colle, ad un’unica navata con due cappelle laterali ed una cupoletta sul presbiterio. Nel 1546 Molina appartiene a Giovanni Felice di Aristoteli. Nel 1572 è barone del castello di Molina Giò Francesco de Simeonibus dell’Aquila, la cui consorte è Antonia figlia di Bartolomeo di Prato. Nel 1599 il 10 dicembre è consacrata la chiesa di S. Nicola di Bari (già di Santa Maria di Colle Pescaro) ad unica navata con transetto Nel 1610 è barone di Molina il casato dei Simeonibus dell’Aquila. Il 1631 è la data del campanile a vela della chiesa di S. Nicola. Posto sul fronte posteriore della chiesa, il campanile presenta due fornici paralleli e uno sovrapposto.
Nel 1650 Molina diviene feudo del barone Fulvio di Pietropaoli. Nel 1669 è barone di Molina Pietro di Pietropaoli ed è tassata per 43 fuochi. Nel 1807, abolita la feudalità, nella circoscrizione del Regno di Napoli, fatta da re Giuseppe Buonaparte, Molina non compare che come frazione del comune di Goriano Valli. Nel 1891 sotto il Regno d’Italia, compiuta la linea ferroviaria Pescara-L’Aquila, il 15 ottobre, il Comune di Goriano Valli fu autorizzato a trasferire la sede municipale dalla frazione omonima in quella di Molina.